Syn Józefa i Anny Szabatowskiej. Urodził się 1 X 1876 r. w Cieszanowie. Szkołę podstawową ukończył w parafii rodzinnej, gimnazjum w Jarosławiu. Egzamin dojrzałości złożył w 1895 r. Studia teologiczne rozpoczął we Lwowie. Kontynuował je na Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie. Tam 19 VIII 1900 r. otrzymał święcenia kapłańskie. 15 V 1902 r. uzyskał doktorat teologii i filozofii.
Po powrocie do archidiecezji lwowskiej był w 1902 r. wikarym w Złoczowie, w 1903 r. wikarym katedralnym we Lwowie. Równocześnie pracował jako katecheta w IV i V gimnazjum w tym mieście, w 1905 r. w Brodach, w 1909 r. w VII gimnazjum we Lwowie. W latach 1911 i 1912 odbył naukową podróż do uniwersytetów niemieckich.
W 1911 r. nostryfikował doktorat na UJK. W 1912 r. podjął tam wykłady zlecone z dogmatyki na Wydziale Teologicznym. Tu w 1913 r. habilitował się na podstawie pracy: Słowa ustanowienia Najświętszego Sakramentu a Epikleza. Studium dogmatyczno-historyczne. Od 17 X 1913 r. był profesorem nadzwyczajnym, od 1916 r. profesorem zwyczajnym. W 1920-1921 r. zastępował czasowo na katedrze chorego księdza J. Waisa. Dogmatykę wykładał z przerwami do 1933 r., tj. do objęcia biskupstwa w Tarnowie. W latach 1917-1919 był dziekanem, 1919-1921 prodziekanem Wydziału Teologicznego UJK. Oprócz pracy habilitacyjnej opublikował kilka rozpraw i artykułów m.in. Przeistoczenie. Studium spekulatywno-teologiczne (Lwów 1913), Charakter sakramentalny (Lwów 1916), Święty Tomasz a rozwój dogmatów („Przegląd Teologiczny” 1924).
Równolegle do pracy naukowej pełnił liczne obowiązki w archidiecezji lwowskiej: w latach 1913-1920 r. był prefektem seminarium duchownego, 1920-1923 r. wicerektorem, a 1923-1933 r. rektorem tegoż seminarium. Był też wizytatorem nauki religii w szkołach podstawowych.
W 1925 r. uzyskał godność prałata domowego, 20 VII 1928 r. Pius XI mianował go biskupem tytularnym Mariammae i pomocniczym abpa B. Twardowskiego we Lwowie. Sakrę biskupią przyjął 7 X 1928 r. z rąk ordynariusza w katedrze lwowskiej. Wkrótce został mianowany wikariuszem generalnym, a w 1929 r. kanonikiem gremialnym metropolitalnej kapituły lwowskiej.
27 I 1933 r. Pius XI mianował go biskupem tarnowskim. Uroczysty ingres do tarnowskiej katedry odbył 25 V 1933 r. Zaraz po przybyciu do diecezji rozpoczął ożywioną działalność pasterską. W 1934 r. zorganizował w diecezji 1900-letni jubileusz Odkupienia. W czerwcu 1934 r. urządził w Tarnowie Diecezjalny Kongres Eucharystyczny, w październiku dokonał uroczystej koronacji łaskami słynącego obrazu MB Bocheńskiej. W 1935 r. zorganizował Kongres Eucharystyczny w Grybowie.
17 IX 1933 r. erygował Diecezjalny Instytut Akcji Katolickiej. W tym samym roku zaczął wychodzić w Tarnowie „Posłaniec Diecezjalnego Instytutu Akcji Katolickiej”, którego redaktorem został mianowany ks. K. Pękala, późniejszy biskup sufragan w Tarnowie. W tym samym 1933 r. ukazała się w Tarnowie „Nasza Sprawa”, dwutygodnik katolicki diecezji tarnowskiej, którego wydawcą był również Instytut Diecezjalny Akcji Katolickiej. Nadal wydawano diecezjalne pisma młodzieżowe, jak „Druhna”, oraz publikacje dla mężczyzn i kobiet.
W 1933 r. bp Lisowski zajął się sprawą kanonizacji bł. Kingi. W 1936 r. dokonał koronacji obrazu MB Odporyszowskiej, urządził jubileusz 900-lecia urodzin św. Stanisława w Szczepanowie. Uczestniczył też w synodzie plenarnym. Co roku wizytował parafie, udzielał się w odpustach sanktuaryjnych i diecezjalnych m.in. w Tuchowie, Nowym Sączu, Starym Sączu, Szczepanowie i innych.
25 XI 1937 r. utworzył Instytut Wyższej Kultury Religijnej, który działał w większych miastach diecezji. W 1938 r. założył Katolicki Uniwersytet Ludowy w Krzyżanowicach k. Bochni.
Zachował dystans wobec ruchu ludowego i był niechętny angażowaniu się księży w sprawy polityczne. Okazywał troskę o duszpasterstwo robotników. Pragnąc przeciwstawić się wpływom socjalistów, w 1938 r. powołał Sekretariat Chrześcijańskich Związków Zawodowych, który przed wybuchem wojny zdołał zorganizować kilka związków w większych skupiskach robotniczych. Erygował 16 nowych parafii, konsekrował kilkanaście kościołów i kaplic.
Po przyłączeniu w 1925 r. do diecezji tarnowskiej dekanatów południowo-wschodnich w jej obrębie znalazło się kilkanaście tysięcy Łemków, co zaogniło istniejący już na Sądecczyźnie konflikt narodowościowy i wyznaniowy. Sprawy te były mu dobrze znane, gdyż przybył do Tarnowa ze Lwowa. Dlatego z radością przyjął fakt utworzenia dekretem Kongregacji ds. Kościołów Wschodnich z 10 II 1934 r. Administracji Apostolskiej dla Łemkowszczyzny. Zgodził się również w 1938 r., aby jej alumni studiowali w seminarium duchownym w Tarnowie.
Listy pasterskie pisał rzadko. Uważał je jednak za bardzo ważne. Napisał tylko trzy. Są one skrupulatnie przygotowane. Pierwszy z listów O rodzinie chrześcijańskiej jest jakby programem jego biskupiego posługiwania. Drukowano go w „Naszej Sprawie” w 1934 r., a także wydano w Tarnowie jako osobną broszurę. Prasa nazwała go „ważnym dokumentem chwili”. Drugi list pasterski O mistycznym Ciele Chrystusa był również drukowany w „Naszej Sprawie” w 1935 r. (również został opublikowany jako osobna broszura – 1935 r.). Trzeci i ostatni jego list pasterski nosi tytuł Światła i cienie mojej owczarni i jest jakby podsumowaniem jego rządów w diecezji, a zarazem duchowym testamentem. Podobnie jak poprzednie listy był drukowany w prasie diecezjalnej i osobno w Tarnowie w 1937 r. Listów pasterskich napisał niewiele, natomiast często kierował do wiernych orędzia i odezwy. Pisał je przy każdej nadarzającej się okazji.
Bp F. Lisowski związany z UJK zachęcał księży, aby przygotowywali prace magisterskie i doktorskie. Księży profesorów Instytutu Teologicznego nakłaniał, aby zdobywali stopnie naukowe. Kilku habilitowało się. Zainicjował również wydawanie „Tarnowskich Studiów Teologicznych”.
Był wrażliwy na potrzeby i biedę ludzi. Po wielkiej powodzi w 1934 r. organizował pomoc dla poszkodowanych. W 1937 r. powołał do życia Diecezjalny Związek „Caritas”. Prowadzenie tego dzieła zlecił znanemu społecznikowi i jałmużnikowi ks. M. Recowi, profesorowi seminarium duchownego, oraz ks. K. Pękali. Troszczył się o losy księży emerytów i chorych. Z myślą o nich 7 VI 1938 r. utworzył fundusz zasiłkowy księży diecezji tarnowskiej. Biskupią posługę sprawował według dewizy swego patrona: „Pokój i dobro”.
Zmarł niespodziewanie 3 VI 1939 r. po udzieleniu w katedrze tarnowskiej wszystkim alumnom święceń od najniższych do diakonatu.
Źródło: Ks. A.Nowak, SŁOWNIK BIOGRAFICZNY KAPŁANÓW DIECEZJI TARNOWSKIEJ 1786-1985, Tom I. Biskupi i kanonicy, Tarnów 1999.
